蜂蜜发酵是常见的蜂蜜质量问题之一。由于蜂蜜能吸收空气中的水分，因而浓度逐渐变稀；而未成熟的蜂蜜，含水量也比较高。通常蜂蜜中含水量在21％以上时，即有利于酵母菌的生长繁殖；若蜂蜜中含水量超过33％，酵母菌的活动则更为频繁。如果酵母菌在蜂蜜中大量繁殖，就会将蜂蜜中糖分分解成酒精和二氧化碳，这就是蜂蜜的发酵。

　　研究表明，蜂蜜发酵与水分含量有直接关系。据对319个蜂蜜样品试验，结果为蜂蜜水分超过20％时容易发酵。当水分含量为l9.1％～20％，酵母菌含量<1/克；水分含量18.1％～19％，酵母菌<10/克；水分含量17.1％～l8％，酵母菌<1000/克，不容易发酵。当水分含量低于l7.1％时，不会发酵。此外，蜂蜜如含水分过多，糖的浓度及其他抑菌成分浓度降低，抑菌能力随之降低，在适宜的温度下，蜂蜜里的酵母菌便会大量繁殖，加快蜂蜜的发酵变质。

　　蜂蜜发酵后，表面会产生越来越多的泡沫，并溢出容器，严重时有胀裂蜜桶的危险。发酵后的蜂蜜，酸度增加，品质变劣，营养成分和风味受到破坏，发酵越严重，破坏程度也越大。对轻度发酵的蜂蜜，应隔水加热到62℃左右，保持30分钟，即可杀死酵母菌，除掉上面的泡沫，然后再装桶密封保存。蜂蜜经过加热，其色、香、味及酶值等都会受到一定程度的影响，使品质下降。因此，必须事先采取措施，要购买成熟蜜，并在保存中加强管理，避免与潮湿空气接触，以防发酵。

　　对轻度发酵的蜂蜜，一般不影响食用。