蜂花粉营养丰富，很容易被微生物污染，甚至可能感染上大肠杆菌或其他致病菌。通常我国南方由于温暖湿润花粉含霉菌较多；北方气候干燥，花粉易干燥，含杂菌较少。为此花粉必须进行消毒灭菌处理。目前常用的消毒灭菌方法有以下几种：

　　1．紫外线消毒法：将花粉摊在台板上，厚度约为1厘米，用紫外线照射消毒60分钟。由于紫外线穿透能力差。所以时间上必须保证而且照射时每隔20分钟左右要翻动一次。

　　2．远红外线消毒法：应用远红外照射消毒，一般温度控制在50℃左右(不超过60℃)，照射10～15小时，可以起到干燥和灭菌双重作用。这种方法简便易行，但耗时过长，效率低，不适于加工厂使用。

　　3．微波消毒法：先按微波炉的转盘大小预备好干净牛皮纸垫。将花粉倒在炉盘的纸垫上，摊开，使花粉由中心向外围均匀地逐渐加厚，然后将微波炉的旋钮扭到最高挡，按动开关启动，30秒钟后，停机开门，翻动花粉散热2分钟，再次将花粉摊好，启动30秒钟，停机，再翻动花粉散热4分钟；再启动30秒钟，停机开门散热。当温度降到30℃以下时，即可装袋。注意短时间开动、勤翻动，以免局部过热、烧焦变色。这种方法，灭菌效果好，对花粉有效成分破坏较小。适宜小型家工厂和家庭使用。

　　4．食用酒精消毒法：将花粉置于混合机内，不断使花粉翻动，同时不断往花粉上喷洒一定浓度的酒精。也可将花粉摊在台板上，边翻动边喷洒，直到均匀湿润为止，然后将它装在塑料袋内，密封消毒24小时后，打开通风晾干酒精消毒的浓度是75％，使用时要考虑到花粉本身的含水量，而选用相应的酒精浓度。花粉中含水量和酒精含水量之和应为25％。例如花粉含水量为5％时，选用的酒精浓度应为80％。酒精消毒方法简便、易行，但消毒效果不彻底。

　　5．钴~(60)辐射消毒法：目前国内外已普遍应用于食品等方面的消毒灭菌。效果非常好。钴~(60)射线穿透力极强，可以将花粉包装好后再辐射，避免消毒后再包装时遭受污染。通常钴~(60)射线剂量用2500伦琴。该法灭菌效果好，无污染，无放射性残留，且花粉有效成分不受破坏，成本低，效率高，安全可靠。一般只有在具备钴~(60)辐射源的地方才可使用。

　　6．微生物发酵法：利用微生物将花粉进行发酵处理，既可脱敏，又可破壁；既可灭菌，又不破坏其营养成分，可谓一举多得。

　　7、冷冻灭菌：把蜂花粉置于-18℃以下环境中冷冻2～3天。

　　上述介绍了几种花粉灭菌方法，各有特点，另外还有一些其他的消毒、灭菌方法，如高速电子流消毒法、环氧乙烷、氟里昂、高压灭菌法等，效果也较好。蜂花粉采用不同灭菌方法，其灭菌效果不同，但对其营养成分没有显著影响，可因时、因地采用对应方法灭菌。